Synagoga byla postavena v letech 1906–1907 na místě tělocvičny jako náhrada za starší modlitebnu v secesním slohu s maurskými prvky. Bohoslužby se zde konaly do roku 1938. Za křišťálové noci byla ušetřena, později byla oficálně využita jako modelářská dílna Hitlerjugend, avšak "mladí modeláři" se zde vyžívali prý i ve zvrácených hrátkách: na podlahu nakreslili mapu Anglie, z balkonu házeli bombičky a tak "ničili" britské impérium. Po válce byla synagoga opuštěna, od roku 1966 sloužila jako pracoviště okresního archivu, v jedné
z menších místností bývala modlitebna synagonálního sboru. Roku 1996 se stala majetkem Židovské obce v Děčíně a postupně byla rekonstruována do původní podoby. Dnes je v ní kancelář Židovské obce v Děčíně, modlitebna a výstavní a koncertní sál. V suterénu budovy je základní kámen datovaný 10. 3. 1907.